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도서

Applied bioinformatics : an introduction

표제/저자사항
Applied bioinformatics : an introduction / Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch
Selzer, Paul M.   Marhöfer, Richard J.   Koch, Oliver   Rohwer, Andreas   
판사항
Second edition
발행사항
Cham, Switzerland : Springer, [2018]
ⓒ2018
형태사항
xv, 183 pages : illustrations (some color) ; 24 cm
주기사항
Previous edition: 2008
"The first edition of the textbook was written by Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, and Andreas Rohwer"--Title page verso
원표제: Angewandte Bioinformatik
Includes bibliographical references and index
Translated from the German
표준번호/부호
ISBN 9783319682990
ISBN 3319682997
ISBN 9783319683010 (eBook)
ISBN 3319683012 (eBook)
분류기호
듀이십진분류법-> 570.285
주제명
Bioinformatics -- Problems, exercises, etc.    Bioinformatics
내용유형
text
매체유형
unmediated
수록매체유형
volume

권별정보

권별정보 목록
편/권차 편제 저작자 발행년도 ISBN 청구기호 자료이용하는곳 자료상태
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch [2018] 9783319682990 W570.285-19-1 보존 서고 신청후이용(보존)
CONTENTS
1 The Biological Foundations of Bioinformatics = 1
  1.1 Nucleic Acids and Proteins = 2
  1.2 Structure of the Nucleic Acids DNA and RNA = 2
  1.3 The Storage of Genetic Information = 2
  1.4 The Structure of Proteins = 7
    1.4.1 Primary Structure = 7
    1.4.2 Secondary Structure = 7
    1.4.3 Tertiary and Quartanary Structure = 10
  1.5 Exercises = 11
  References = 12
2 Biological Databases = 13
  2.1 Biological Knowledge is Stored in Global Databases = 14
  2.2 Primary Databases = 14
    2.2.1 Nucleotide Sequence Databases = 14
    2.2.2 Protein Sequence Databases = 20
  2.3 Secondary Databases = 23
    2.3.1 Prosite = 23
    2.3.2 PRINTS = 24
    2.3.3 Pfam = 25
    2.3.4 Interpro = 25
  2.4 Genotype-Phenotype Databases = 25
    2.4.1 PhenomicDB = 26
  2.5 Molecular Structure Databases = 27
    2.5.1 Protein Data Bank = 27
    2.5.2 SCOP = 29
    2.5.3 CATH = 29
    2.5.4 PubChem = 30
  2.6 Exercises = 31
  References = 33
3 Sequence Comparisons and Sequence-Based Database Searches = 35
  3.1 Pairwise and Multiple Sequence Comparisons = 36
  3.2 Database Searches with Nucleotide and Protein Sequences = 42
    3.2.1 Important Algorithms for Database Searching = 45
  3.3 Software for Sequence Analysis = 46
  3.4 Exercises = 48
  References = 49
4 The Decoding of Eukaryotic Genomes = 51
  4.1 The Sequencing of Complete Genomes = 52
  4.2 Characterization of Genomes Using STS and EST Sequences = 52
    4.2.1 Sequence-Tagged Sites are Landmarks in the Human Genome = 52
    4.2.2 Expressed Sequence Tags = 53
  4.3 EST Project Implementation = 55
  4.4 Identification of Unknown Genes = 56
  4.5 The Discovery of Splice Variants = 60
  4.6 Genetic Causes for Individual Differences = 61
    4.6.1 Pharmacogenetics = 63
    4.6.2 Personalized Medicine and Biomarkers = 65
    4.6.3 Next-Generation Sequencing (NGS) = 67
    4.6.4 Proteogenomics = 68
  4.7 Exercises = 69
  References = 71
5 Protein Structures and Structure-Based Rational Drug Design = 73
  5.1 Protein Structure = 74
  5.2 Signal Peptides = 74
  5.3 Transmembrane Proteins = 77
  5.4 Analyses of Protein Structures = 78
    5.4.1 Protein Modeling = 78
    5.4.2 Determination of Protein Structures by High-Throughput Methods = 78
  5.5 Structure-Based Rational Drug Design = 79
    5.5.1 A Docking Example Using DOCK = 80
    5.5.2 Docking Example Using GOLD = 83
    5.5.3 Pharmacophore Modeling and Searches = 84
    5.5.4 Successes of Structure-Based Rational Drug Design = 85
  5.6 Exercises = 86
  References = 88
6 The Functional Analysis of Genomes = 91
  6.1 The Identification of the Cellular Functions of Gene Products = 92
    6.1.1 Transcriptomics = 93
    6.1.2 Proteomics = 102
    6.1.3 Metabolomics = 110
    6.1.4 Phenomics = 112
  6.2 Systems Biology = 115
  6.3 Exercises = 118
  References = 120
7 Comparative Genome Analyses = 123
  7.1 The Era of Genome Sequencing = 124
  7.2 Drug Research on the Target Protein = 124
  7.3 Comparative Genome Analyses Provide Information About the Biology of Organisms = 126
    7.3.1 Genome Structure = 126
    7.3.2 Coding Regions = 128
    7.3.3 Noncoding Regions = 128
  7.4 Comparative Metabolic Analyses = 129
    7.4.1 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes = 133
  7.5 Groups of Orthologous Proteins = 135
  7.6 Exercises = 138
  References = 139
Supplementary Information Solutions to Exercises = 142
Glossary = 164
Index = 179

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