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도서

Viral metagenomics : methods and protocols

표제/저자사항
Viral metagenomics : methods and protocols / edited by Vitantonio Pantaleo and Michela Chiumenti
Pantaleo, Vitantonio   Chiumenti, Michela   
발행사항
New York : Humana Press, [2018]
©2018
형태사항
xi, 217 pages : illustrations (some color) ; 27 cm
총서사항
(Methods in molecular biology, ISSN 1064-3745 ; 1746)
(Springer protocols)
주기사항
Includes bibliographical references and index
표준번호/부호
ISBN 9781493976829
ISBN 1493976826
ISBN 9781493976836 (eBook)
ISBN 1493976834 (eBook)
ISSN 1940-6029 (electronic)
분류기호
듀이십진분류법-> 579.23
주제명
Metagenomics    Viral genetics
내용유형
text
매체유형
unmediated
수록매체유형
volume

권별정보

권별정보 목록
편/권차 편제 저작자 발행년도 ISBN 청구기호 자료이용하는곳 자료상태
edited by Vitantonio Pantaleo and Michela Chiumenti [2018] 9781493976829 W579.23-19-1 보존 서고 신청후이용(보존)
CONTENTS
Preface = v
Contributors = ix
1 Host-Associated Bacteriophage Isolation and Preparation for Viral Metagenomics / Juris A. Grasis = 1
2 Small RNA Isolation from Tissues of Grapevine and Woody Plants / Annalisa Giampetruzzi ; Michela Chiumenti ; Angelantonio Minafra ; Pasquale Saldarelli = 27
3 Double-Stranded RNA-Enriched Preparations to Identify Viroids by Next-Generation Sequencing / Beatriz Navarro ; Francesco Di Serio = 37
4 Viral Double-Stranded RNAs (dsRNAs) from Plants: Alternative Nucleic Acid Substrates for High-Throughput Sequencing / Armelle Marais ; Chantal Faure ; Bernard Bergey ; Thierry Candresse = 45
5 Workup of Human Blood Samples for Deep Sequencing of HIV-1 Genomes / Marion Cornelissen ; Astrid Gall ; Antoinette van der Kuyl ; Chris Wymant ; François Blanquart ; Christophe Fraser ; Ben Berkhout = 55
6 Monolith Chromatography as Sample Preparation Step in Virome Studies of Water Samples / Ion Gutiérrez-Aguirre ; Denis Kutnjak ; Nejc Rački ; Matevž Rupar ; Maja Ravnikar = 63
7 Viral Metagenornics Approaches for High-Resolution Screening of Multiplexed Arthropod and Plant Viral Communities / Sarah François ; Denis Filloux ; Emmanuel Fernandez ; Mylène Ogliastro ; Philippe Roumagnac = 77
8 Different Approaches to Discover Mycovirus Associated to Marine Organisms / Luca Nerva ; Giovanna C. Varese ; Massimo Turina = 97
9 Use of siRNAs for Diagnosis of Viruses Associated to Woody Plants in Nurseries and Stock Collections / Nikoletta Czotter ; János Molnár ; Réka Pesti ; Emese Demián ; Dániel Baráth ; Tünde Varga ; Éva Várallyay = 115
10 The Use of High-Throughput Sequencing for the Study and Diagnosis of Plant Viruses and Viroids in Pollen / Kris De Jonghe ; Annelies Haegeman ; Yoika Foucart ; Martine Maes = 131
11 High-Resolution Screening of Viral Communities and Identification of New Pathogens in Fish Using Next-Generation Sequencing / Arnfinn Lodden Økland ; Are Nylund ; Ali May ; Adalberto Costessi ; Walter Pirovano = 151
12 Metagenornic Analyses of the Viruses Detected in Mycorrhizal Fungi and Their Host Orchid / Hanako Shimura ; Chikara Masuta ; Yasunori Koda = 161
13 DNA Multiple Sequence Alignment Guided by Protein Domains : The MSA-PAD 2.0 Method / Bachir Balech ; Alfonso Monaco ; Michele Perniola ; Monica Santamaria ; Giacinto Donvito ; Saverio Vicario ; Giorgio Maggi ; Graziano Pesole = 173
14 From Whole-Genome Shotgun Sequencing to Viral Community Profiling : The ViromeScan Tool / Simone Rampelli ; SilPia Turroni = 181
15 Shannon Entropy to Evaluate Substitution Rate Variation Among Viral Nucleotide Positions in Datasets of Viral siRNAs / Aysan Ghasemzadeh ; Marta Małgorzata ter Haar ; Masoud Shams-bakhsh ; Walter Pirovano ; Vitantonio Pantaleo = 187
16 Insect Virus Discovery by Metagenomic and Cell Culture-Based Approaches / Finny S. Varghese ; Ronald P. van Rij = 197
Index = 215

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