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도서

Bioinformatics for evolutionary biologists : a problems approach

표제/저자사항
Bioinformatics for evolutionary biologists : a problems approach / Bernhard Haubold, Angelika Börsch-Haubold
Haubold, Bernhard[1967-]   Börsch-Haubold, Angelika   
발행사항
Cham, Switzerland : Springer, [2018]
ⓒ2018
형태사항
xiii, 318 pages : illustrations (some color) ; 24 cm
주기사항
Includes bibliographical references (pages 309-311) and index
표준번호/부호
ISBN 9783319673943
ISBN 3319673947
ISBN 9783319673950 (eBook)
ISBN 3319673955 (eBook)
분류기호
듀이십진분류법-> 570.285
주제명
Bioinformatics -- Textbooks    Bioinformatics -- Problems, exercises, etc.    Evolution (Biology) -- Textbooks    Evolution (Biology) -- Problems, exercises, etc.    Computational biology -- Textbooks    Computational biology -- Problems, exercises, etc.
내용유형
text
매체유형
unmediated
수록매체유형
volume

권별정보

권별정보 목록
편/권차 편제 저작자 발행년도 ISBN 청구기호 자료이용하는곳 자료상태
Bernhard Haubold, Angelika Börsch-Haubold [2018] 9783319673943 W570.285-19-2 보존 서고 신청후이용(보존)
CONTENTS
1 The UNIX Command Line = 1
  1.1 Getting Started = 2
  1.2 Files = 7
  1.3 Scripts = 13
    1.3.1 Bash = 14
    1.3.2 Sed = 16
    1.3.3 AWK = 17
2 Constructing and Applying Optimal Alignments = 23
  2.1 Sequence Evolution and Alignment = 23
  2.2 Amino Acid Substitution Matrices = 25
    2.2.1 Genetic Code = 26
    2.2.2 PAM Matrices = 30
  2.3 The Number of Possible Alignments = 32
  2.4 Dot Plots = 34
  2.5 Optimal Alignment = 37
    2.5.1 From Dot Plot to Alignment = 38
    2.5.2 Global Alignment = 39
    2.5.3 Local Alignment = 42
  2.6 Applications of Optimal Alignment = 42
    2.6.1 Homology Detection = 43
    2.6.2 Dating the Duplication of Adh = 44
3 Exact Matching = 47
  3.1 Keyword Trees = 47
  3.2 Suffix Trees = 54
  3.3 Suffix Arrrays = 57
  3.4 Text Compression = 62
    3.4.1 Move to Front (MTF) = 65
    3.4.2 Measuring Compressibility : The Lempel–Ziv Decomposition = 65
4 Fast Alignment = 69
  4.1 Alignment with k Errors = 69
  4.2 Fast Local Alignment = 72
    4.2.1 Simple BLAST = 73
    4.2.2 Modern BLAST = 75
  4.3 Shotgun Sequencing = 78
  4.4 Fast Global Alignment = 82
  4.5 Read Mapping = 86
  4.6 Clustering Protein Sequences = 88
  4.7 Position-Specific Iterated BLAST = 92
  4.8 Multiple Sequence Alignment = 94
    4.8.1 Query-Anchored Alignment = 96
    4.8.2 Progressive Alignment = 96
5 Evolution Between Species : Phylogeny = 101
  5.1 Trees of Life = 101
  5.2 Rooted Phylogeny = 106
  5.3 Unrooted Phylogeny = 108
6 Evolution Within Populations = 113
  6.1 Descent from One or Two Parents = 113
    6.1.1 Bi-Parental Genealogy = 113
    6.1.2 Uni-Parental Genealogy = 115
  6.2 The Coalescent = 120
7 Additional Topics = 127
  7.1 Statistics = 127
    7.1.1 The Significance of Single Experiments = 128
    7.1.2 The Significance of Multiple Experiments = 128
    7.1.3 Mouse Transcriptome Data = 130
  7.2 Relational Databases = 131
    7.2.1 Mouse Expression Data = 132
    7.2.2 SQL Queries = 135
    7.2.3 Java = 136
    7.2.4 ENSEMBL = 137
8 Answers and Appendix : Unix Guide = 139
  8.1 Answers = 139
  8.2 Appendix : UNIX Guide = 292
    8.2.1 File Editing = 292
    8.2.2 Working with Files = 293
    8.2.3 Entering Commands Interactively = 293
    8.2.4 Combining Commands : Pipes = 295
    8.2.5 Redirecting Output = 295
    8.2.6 Shell Scripts = 297
    8.2.7 Directories = 298
    8.2.8 Filters = 299
    8.2.9 Regular Expressions = 306
Erratum to : Bioinformatics for Evolutionary Biologists = E1
References = 309
Index = 313

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