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학술기사

Comprehensive analysis of CCCH zinc-finger-type transcription factors in the Brassica rapa genome

표제/저자사항
Comprehensive analysis of CCCH zinc-finger-type transcription factors in the Brassica rapa genome / Jana Jeevan Rameneni, Vignesh Dhandapani, Parameswari Paul, Sangeeth Prasath Devaraj, Su Ryun Choi, So Young Yi, Man-Sun Kim, Seongmin Hong, Sang Heon Oh, Man-Ho Oh, Yong Pyo Lim
형태사항
p. 729-747 ; 28 cm
주기사항
수록자료: Horticulture, environment, and biotechnology. Korean Society for Horticultural Science. Vol.59 No.5(2018 October), p. 729-747 59:5<729 ISSN 2211-3452↔
저자: Jana Jeevan Rameneni, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Vignesh Dhandapani, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Parameswari Paul, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Sangeeth Prasath Devaraj, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Su Ryun Choi, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: So Young Yi, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Man-Sun Kim, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Seongmin Hong, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Sang Heon Oh, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
저자: Man-Ho Oh, Department of Biological Sciences, College of Biological Sciences and Biotechnology, Chungnam National University
저자: Yong Pyo Lim, Molecular Genetics and Genomics Laboratory, Department of Horticulture, College of Agriculture and Life Science, Chungnam National University
수록잡지명
Horticulture, environment, and biotechnology.
청구기호
635.05-H822-59(5)
자료이용하는곳
3층 연속간행물실(서고자료대출반납)(보존)
자료 이용 방법
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초록내용/해제내용

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 The CCCH-type zinc finger proteins are characterized by their signature motif of three cysteine and one histidine residues. These proteins are RNA binding proteins that function in plant growth, developmental processes, and responses to various environmental stress conditions. In this study, a comprehensive analysis using computational methods allowed the identification of 63 functionally important CCCH genes in the Brassica rapa genome. Several analyses were carried out on the identified genes to understand their roles in this plant. Comparative phylogenetic analysis classified CCCH genes into six clusters, while motif and structural analyses revealed four unique CCCH motifs including different functional motifs and intron/exon variations unique to plants compared to those in other species. Real-time qRT-PCR analysis of 10 randomly selected genes indicated they function at the early stages rather than the later stages of cold and salt stress. This study provides a basic understanding of potential candidate CCCH genes in B. rapa, their structural variation, expression patterns, and their roles under different stress conditions.

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